整理下您的问题。
您是劳务公司的会计，你们公司给甲方提供清包工劳务服务，已经给对方开了发票。
现在对方告诉您，你们公司自己可以找工人去开劳务发票做成本。
您想知道这样做对不对。
这种做法的确是存在的，不是工人，而是劳务合同，可以少交社保，也可能会少交个税。有些建筑工程的承包方，也会建议包工头注册成个体户，然后给公司开专用发票，就可以用于进项税抵扣。
但是这种做法本身也有税务风险，主要是对劳务合同的界定和劳务费个税的问题。
劳务合同和用工合同之间有一定差别，如果实质上应该是用工合同，却跟员工签成了劳务合同，将可能会被要求补交社保。若是员工上诉劳动仲裁之类的，公司也会比较麻烦。
另外，对个人的劳务费发票，公司有个税代扣代缴义务，如果没有代扣，可能也会被税务机关点名的。如果工人是个体户，提供专业发票的话，工人自己也会面临要缴纳个人所得税的问题。
从公司角度，为了降低成本而把风险转嫁给员工的这种做法，实话说并不值得鼓励。
甲方要求的是正确的。
甲方单纯用合同是无法入账的。需要乙方提供劳务费发票。
至于乙方如何提供，需要乙方去税务局或所，给付税金后正常取得。
如果甲方未向乙方索取劳务费发票，那么甲方实际上承担了这部分的风险和税金。
提供一个小窍门，乙方可以申请建立劳务输出公司或个体工商户，双方以公对公的形式履行劳务输出更加稳妥。
根据你描述，公司承接了一个清包工项目，且已经为甲方开具了发票，作为乙方，你们可以到税务代开发票来入账。其实没有这个必要。
根据营改增相关文件规定，清包工工程增值税可以实行简易计税，征收率为3%。这种情况下，贵公司是不需要增值税专用发票用来抵扣的，因此，甲方的提醒应该是针对企业所得税的。担心你们只有收入没有成本，所得税会很多，其实不一定，需要区分不同的情况来处理。
一、贵公司直接提供的服务。
对于企业所得税而言，如果贵公司直接找农民工来提供的服务，由贵公司直接根据农民工出勤天数、工资标准等制作工资表并据实发放，且代扣代缴了个人所得税，那么贵公司发放的农民工工资是可以根据工资表及转款凭证据实税前扣除的。这种情况下，不需要农民工提供发票。
当然了，有人担心社保问题，没有为农民工缴纳社保，税务会认可吗？
在目前的环境下，虽然没有为农民工缴纳社保，但据实发放的工资税务部门是认可的。毕竟农民工社保问题在一个普遍存在的现象，不是一时半会可以解决的。在这方面，税务机关的执法还是比较人性化的。
二、存在转包行为。
如果贵公司将部分工程分包给了劳务公司，对于分包的工程，是需要对方提供发票的。贵公司凭对方开具的增值税普通发票据实入账，税前扣除。
