清朝收复自唐朝以来中央王朝失去的西域是国家安全形势的需要，因为清朝前期一直受到准格尔蒙古危胁，在康熙年间不得不对葛尔丹开战，由此拉开了收复西域的战斗。
西域蒙古势力的演变
1218年，成吉思汉率领蒙古军队西征灭了西辽，将西辽故土赏给他的第二个儿子察哈台，这是蒙古人统治西域的开始。1222年察哈台建立察哈台汗国，是蒙古四大汗国之一。忽必烈建立元朝后试图控制察哈台汗国，但没有成功。1321年，察哈台汗国分裂成东、西两部分，东部称为“蒙兀儿斯坦”，西部称为“马维兰纳儿”。
到1346年，东、西两部分别成立东察哈台汗国和西察哈台汗国。1514年东察哈台汗国被叶尔羌汗国取代，1678年叶尔羌汗国被准噶尔汗国灭亡。因此因此终元、明两朝西域始终是察哈台汗国的领土，但势力没有进入西藏，西藏受元朝、明朝的羁绊统治，属于元明的领土。
准噶尔汗国兴起
北元灭亡后，瓦刺蒙古一度短暂的复兴，但在也先攻明失败后逐渐衰落退据漠西，最后进分裂为准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部，卫拉特部、土尔扈特部，称为漠西四部。到十七世纪准噶尔部逐渐强大，向西挤走土尔扈特部（西迁伏尔加草原）和杜尔伯特部、卫拉特部一部分，另一部杜尔伯特部东移到嫩江流域，最后附清。和硕特部迁移到青海，后进入西藏成立和硕特汗国。但在皇太极征服林丹汗后，漠西四部向皇太极臣服，名誉上归顺清朝。
清朝入关后忙于对中原内地的征服，暂时无暇顾及漠西、漠北蒙古（喀尔喀部），准噶尔蒙古在噶尔丹的领导下迅速强大，吞并卫拉特部。1678年，噶尔丹获得了五世达赖喇嘛所赠 “噶尔丹博硕克图汗” 之号，举行了隆重的大典，成立准噶尔汗国。
准噶尔汗国成立后开始四外征服，先是越过天山灭掉叶尔羌汗国，又征服哈萨克汗国，进而掉头向东攻入喀尔喀蒙古，喀尔喀土谢图汗部战败逃入内蒙古向清朝求救。
康熙三征噶尔丹
土谢图汗部余众逃到内蒙古，噶尔丹根本不把清朝放在眼里，率兵追赶到内蒙古。这个是时候清朝已是康熙帝执政。康熙帝平定了三藩，击败了沙俄，国力正盛，怎能容忍准噶尔蒙古如此欺服喀尔喀蒙古，为了边境的安定决定亲征噶尔丹。
第一次亲征是在1690年。康熙帝兵分两路出塞，左路军出北古口，右路军出喜峰口，康熙帝亲自带兵在后指挥。谁知右路军在遭遇噶尔丹大军后被打败，噶尔丹长驱直入到距北京七百里的内蒙古乌兰布通。康熙帝命令清军全面仅击，噶尔丹将骆驼四足绑住围成驼城，驼背上放箱子，躲在里面利用射箭放枪。清军用火炮轰击，噶尔丹大败，逃往漠北。后来噶尔丹虚意同清朝议和，但又不诚信，还扬言借沙俄兵攻内蒙古，内蒙古各王公向康熙帝告状。
第二次亲征是在1696年。康熙帝乘噶尔丹南下之际派出三路大军出征，命萨布素率黑龙江兵出其东、费扬古调陕甘兵出其西、自率中路军合力进击。5月康熙帝率中路军到达科图，有谣言说沙俄出动六万部支援噶尔丹，有大臣劝康熙帝退兵，康熙帝坚持进击。6月中路军到达克鲁伦河边，噶尔丹见清军势大吓得向三逃窜，连续狂奔五天五夜，康熙帝追了三天至拖诺山而返。费扬古率西路军到达昭莫多，截住了噶尔丹，噶尔丹中了埋伏，其妻被打死，最后只带了十几个人逃跑。
第三次亲征是在1697年。噶尔丹西逃后继续作乱，于是第二年康熙帝再次亲征。这一次康熙帝渡过黄河进抵宁夏，命萨布素会同赞扬古等深入进剿。噶尔丹此时已经势单力薄，派儿子去哈密征兵，谁知儿子被老百姓抓住。想逃回老巢伊犁，却听说伊犁被侄子策旺阿拉布占领，并伏兵阿尔泰山准备抓他，想逃西藏又被清军截击，而且沙俄又抛弃了他，最后在众叛亲离走头无路下急病死去。自此清朝收复了阿尔泰山以东广大地区，包括喀尔喀蒙古彻底归顺清朝。
策旺阿拉布时期的准噶尔汗国
噶尔丹死后，他的侄子策旺阿拉布统治了准噶尔汗国，他和他儿子噶尔丹策零统治的五十年期间是准噶尔汗国最强盛的时期，曾经拥兵三十万，雍正年间曾多次击败清军的进攻，并同清朝议和划定以杭爱山为界。
1745年噶尔丹策零死后准噶尔汗国陷入混乱和内战，1753年猛将达瓦齐篡位自立，达瓦齐暴虐混淫，倒行逆施，汗国更加混乱。达瓦齐与辉特部的阿睦尔撒纳发生内讧，阿睦尔撒纳战败投清，1755年清朝乘机出兵，与哈萨克汗国东西夹去，灭掉准噶尔汗国。后来又发生了阿睦尔撒纳、霍集占、大小和卓叛乱。直到1759年，兆惠率清军征服天山南路，自此天山南北尽归清朝版图，乾隆帝取名新疆。
清朝在与准噶尔汗国斗争时，位于青海的和硕特劾首领罗布藏丹津也起兵叛乱，康熙帝命十四阿哥允桢平叛，未了康熙帝病死。雍正帝即位后命年羹尧、岳钟琪平叛，年羹尧、岳钟琪击败罗布藏丹津，灭了和硕特汗国，罗布藏丹津逃往准噶尔汗国，将青海直属中央等理。罗布藏丹津最终在灭准噶尔时抓获，被囚禁于北京。
所以清朝收复西域是迫于国家安全形势的需要，是经过康熙、雍正、乾隆将近七十年的不断努力完成的，其间经过了大小无数次的战争，死亡了大量的人口，才收复了失去一千多年的西域故土。
